Program Kartu Prakerja menghadapi berbagai tantangan, termasuk konflik kepentingan antara mitra platform digital dan penyedia pelatihan, serta masalah dalam mekanisme pembayaran dan efektivitas pelatihan daring. Temuan ini menunjukkan perlunya reformasi dalam pengelolaan dan transparansi untuk memastikan manfaat maksimal bagi peserta dan penggunaan anggaran yang efisien.