Sejak didirikan pada tahun 1967, Pesantren Al-Mukmin Ngruki telah menjadi pusat perhatian karena keterkaitannya dengan berbagai isu nasional dan internasional. Awalnya dikenal sebagai lembaga pendidikan yang berpegang teguh pada ajaran-ajaran konservatif, pesantren ini mengalami perubahan signifikan dalam hubungan dengan masyarakat dan institusi negara seiring waktu.