Imam Samudra dikenal karena konsep jihadnya yang mengaplikasikan jihad dengan berperang fisik terhadap kaum Yahudi dan non-muslim. Dia menggunakan Al-Qur'an sebagai landasan untuk aksi-aksinya dan menganggap pengeboman sebagai bentuk pembalasan atas pembataian yang terjadi di negara-negara Islam. Konsep jihad Imam Samudra dipuji oleh beberapa pihak, tetapi juga diprotes oleh lainnya karena dianggap sebagai tindakan anarkis dan zalim.