Selama operasinya, BRR menghadapi berbagai tantangan dan kritik, termasuk terkait dengan transparansi, akuntabilitas, dan efisiensi pengelolaan dana. Meskipun demikian, lembaga ini juga berhasil mencapai sejumlah prestasi signifikan dalam pemulihan Aceh dan Nias, termasuk pembangunan infrastruktur yang penting, pemulihan ekonomi, serta penyediaan layanan dasar seperti pendidikan dan kesehatan.