Masalah pembebasan lahan untuk proyek tol ini menampilkan kompleksitas yang sering terjadi dalam proyek-proyek infrastruktur besar. Isu utama berputar pada ketidakcocokan antara nilai ganti rugi yang ditawarkan oleh pihak pengembang dengan harapan pemilik tanah. Misalnya, permintaan ahli waris atas tanah eks PT Biomed yang menuntut ganti rugi lebih tinggi dari yang ditetapkan menunjukkan ketidaksepakatan yang berkepanjangan yang harus diatasi sebelum proyek dapat dilanjutkan.